Pembentukan BRMP berdasarkan amanat Peraturan Presiden Nomor 192 Tahun 2024 tentang Kementerian Pertanian, serta Peraturan Menteri Pertanian Nomor 02 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Pertanian dan Permentan Nomor 10 Tahun 2025 mengenai Struktur Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis (UPT) lingkup BRMP. BRMP didukung oleh keberadaan 34 Unit Pelaksana Teknis (UPT) Balai Penerapan Modernissi Pertanian yang secara khusus melaksanakan melaksanakan penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian dibawah koordinasi Balai Besar Pengembangan dan Penerapan Modernisasi  Pertanian